蒂姆的父亲哈里是一名侦探，却离奇失踪。蒂姆前往莱姆市寻找父亲下落，意外结识了父亲的搭档大侦探皮卡丘。这只皮卡丘十分特别，它不仅能说人话，还失去了部分记忆。一人一宝可梦开始联手调查哈里失踪的案件。在调查过程中，他们发现莱姆市正面临着巨大危机。一个神秘组织妄图利用邪恶的手段控制宝可梦，引发混乱。蒂姆和皮卡丘在追查真相的道路上，结识了各种宝可梦和人类伙伴，一起破解重重谜题，与邪恶势力斗智斗勇。最终，他们能否揭开哈里失踪的真相，拯救莱姆市于水火之中呢？