《联邦调查局第六季》继续聚焦联邦调查局纽约办公室的特工们的探案日常。特别探员梅西·惠勒、OA·齐丹等一众经验丰富的特工，凭借专业技能和无畏勇气，应对各种复杂棘手的案件。他们要调查涉及恐怖袭击阴谋的案件，追踪恐怖分子的踪迹，阻止可能发生的大规模伤亡事件。在调查黑帮犯罪时，深入黑帮内部，与狡猾凶狠的犯罪分子斗智斗勇。同时，团队成员之间也有着复杂的情感和工作关系。他们在面对危险时相互支持，也会在工作理念上产生分歧。每一集都充满紧张刺激的情节和意想不到的转折，展现了联邦调查局特工们维护正义、打击犯罪的艰辛与坚持。