《东京教父》的故事发生在圣诞夜的东京。流浪汉金、离家出走的少女美由纪和变性人哈娜相遇，他们在垃圾桶里捡到了一个被遗弃的女婴。三人决定为女婴寻找亲生父母，由此展开了一场奇妙的旅程。他们根据婴儿身上的线索四处打听，在这个过程中，他们遭遇了各种意外和困难。金曾是个有家室的人，却因酗酒失去了一切；美由纪和家庭产生矛盾而离家；哈娜也有着不为人知的过去。在寻找孩子父母的途中，他们逐渐揭开背后复杂的故事，也重新审视自己的人生。最终，他们不仅帮助女婴找到了归宿，也各自获得了心灵的救赎。