《校草是女生》围绕着女主展开。女主因某些特殊原因女扮男装进入学校，意外成为了校草。在学校里，她结识了一群性格各异的同学。男主是学校里成绩优异、备受瞩目的存在，一开始对女主的身份并未察觉，两人在学习和生活中产生了许多交集，从互相看不顺眼逐渐发展为惺惺相惜。 然而，女主女扮男装的身份随时可能暴露，一旦被发现，将会引发一系列麻烦。同时，学校里也有一些人对女主的“校草”地位心怀嫉妒，试图找出她的破绽。在一次次危机中，女主凭借自己的智慧和勇气化险为夷。随着时间推移，男主渐渐对女主产生了别样的感情，而女主也在与男主的相处中情愫暗生，一段充满悬念与浪漫的校园故事就此展开。