《钢之炼金术师：叹息之丘的圣星》故事发生在炼金术盛行的世界。爱德华·艾尔利克和阿尔冯斯·艾尔利克兄弟俩，曾因试图用炼金术复活母亲而付出惨痛代价，爱德华失去左腿，阿尔冯斯失去全身，灵魂附于铠甲。此次，他们来到一座被称为叹息之丘的城镇。这里流传着圣星的传说，而教会以圣星之名进行着神秘活动。爱德华发现教会的行为背后隐藏着不可告人的秘密，他们利用炼金术操控人们的信仰。兄弟俩与伙伴们一同深入调查，在过程中遭遇重重危险，与教会的爪牙展开激烈战斗。最终，他们揭开教会的阴谋，阻止了邪恶计划，也让叹息之丘的人们重获自由。