《暗杀教室 剧场版 365天的时光》围绕椚丘中学3年E班的学生们展开。他们的老师是号称能毁灭地球的杀老师，学生们的任务就是在一年内将其暗杀。这一年里，学生们在杀老师的教导下，不仅学习知识，更在成长中收获了勇气、友情和责任。他们一次次制定暗杀计划，又在与杀老师的相处中逐渐理解他的良苦用心。随着时间推移，365天即将过去，最终决战来临。学生们面临着艰难抉择，是完成暗杀使命，还是放下仇恨。影片展现了师生间深厚的情感，以及学生们在这一年里的蜕变与成长。