《心理测量者SS3：在恩怨的彼方》的故事发生在西历2113年的日本，社会依靠西比拉系统对人类的心理状态和性格倾向进行数值化测量，即“心理测量”。狡啮慎也曾是追捕凶恶犯的精英刑警，后因违抗西比拉系统而成为通缉犯，在国外继续与犯罪作斗争。常守朱则是公安局刑事课一系的执行官，坚守着自己的正义。 此次，东南亚某国发生了针对日本大使的恐怖袭击事件，狡啮慎也被怀疑是凶手。常守朱为了查明真相，前往该国展开调查。在调查过程中，她发现事件背后隐藏着一个巨大的阴谋，涉及到西比拉系统的秘密以及一些企图颠覆现有秩序的势力。常守朱与狡啮慎也在不同立场下再次相遇，他们既要面对外部的敌人，又要处理彼此之间复杂的情感和理念冲突。最终，他们携手揭露阴谋，在恩怨的彼方寻得新的正义方向。