《命运之夜——天之杯Ⅰ：恶兆之花》围绕圣杯战争展开。卫宫士郎在偶然间卷入这场残酷的战争，他与从者英灵卫宫缔结契约，成为参战的魔术师。在战斗过程中，士郎结识了间桐樱，樱的柔弱与善良让士郎心生保护欲。然而，平静表象下暗流涌动，城市中开始出现诡异的杀人事件，鲜血与死亡的气息弥漫开来。随着调查深入，士郎发现这一切与圣杯战争有着千丝万缕的联系，而樱似乎也隐藏着不为人知的秘密。与此同时，其他参战的魔术师和从者们也各怀鬼胎，为了得到圣杯不择手段。士郎在守护正义与卷入战争的漩涡中艰难抉择，一场惊心动魄的战斗即将拉开帷幕。