《将军的小宠医 动漫版》围绕着古灵精怪的小宠医苏瑶和冷峻将军墨寒展开。苏瑶身为医术高超的小宠医，意外卷入一场宫廷阴谋，被追杀时得到墨寒将军的救助。此后，苏瑶留在将军府报恩，在相处中，她的活泼善良逐渐融化了墨寒冰冷的心，两人情愫暗生。然而，他们的感情之路并不平坦。朝堂上各方势力暗流涌动，不断设计陷害墨寒，苏瑶凭借自己的智慧和医术一次次帮助墨寒化险为夷。同时，还有爱慕墨寒的千金从中作梗，试图拆散他们。但苏瑶和墨寒相互信任，携手面对重重困难，最终不仅收获了美好的爱情，还一同守护了国家的和平与安宁。