2015 年，被称为“第二次冲击”的大灾难让世界人口锐减，地球满目疮痍。14 岁的少年碇真嗣被父亲碇源堂召唤到了 NERV 总部。在这里，他得知了神秘的巨大生物“使徒”的存在，以及人类为对抗使徒而制造的人形兵器“EVA”。碇源堂要求碇真嗣驾驶 EVA 初号机迎战使徒。起初，碇真嗣内心充满抗拒，但在危急时刻，他还是登上了初号机。在与使徒的战斗中，初号机展现出强大的战斗力，碇真嗣也逐渐克服内心恐惧。然而，随着战斗深入，他发现 NERV 组织背后隐藏着诸多秘密，自己的身世似乎也与这一切有着千丝万缕的联系。