《机巧少女不会受伤》的故事发生在存在着名为“机巧魔术”这一先进技术的世界，人们能够制造出名为“机巧人偶”的战斗兵器。男主角雷真，是一位来自东方的少年，他来到了西欧著名的学府——雷渥夫黑学院求学。在这里，他偶然间与少女夜夜相遇，夜夜正是传说中的最强机巧人偶“夜夜”。雷真与夜夜签订契约，成为搭档，一同参加学院内的各种战斗。学院中高手如云，他们面临着诸多强大的对手，像学生会会长夏洛特等，都有着非凡的实力。雷真和夜夜在一次次战斗中不断成长，他们不仅要应对学院内的竞争，还要揭开隐藏在背后的阴谋。在这个过程中，雷真与夜夜之间的羁绊也越来越深，同时还结识了许多志同道合的朋友，共同书写着一段充满热血与奇幻的青春战斗故事。