《游戏王：次元的黑暗面》故事承接动画版结局。武藤游戏与伙伴们告别后，海马濑人举办了一场决斗者大会。然而，神秘的黑影突然出现，将海马乐园变成了决斗场，还夺走了武藤游戏的千年积木。原来，这一切是帕拉多克斯的阴谋，他来自另一个次元，因不满自己次元的游戏王决斗历史被改变，便来到这个次元复仇。他利用黑暗力量控制了众多决斗者，让他们与武藤游戏等人展开生死决斗。在战斗中，武藤游戏等人逐渐揭开帕拉多克斯的阴谋，并发现了拯救两个次元的关键。最终，武藤游戏与帕拉多克斯展开了一场惊心动魄的最终对决，凭借勇气和智慧，成功击败对手，拯救了两个次元。