故事发生在北海道被分割统治的近未来。少年藤泽浩纪和好友白川拓也生活在小镇上，他们对战争中遗留下的矗立在津轻海峡对岸的巨塔充满好奇。两人约定一起制造飞机，飞到塔的那边去探寻真相。浩纪暗恋着学校里神秘忧郁的女孩泽渡佐由理，而佐由理也似乎有着不为人知的秘密，她常常陷入昏睡状态。随着时间推移，拓也因家庭原因离开小镇，浩纪则独自坚持造飞机。后来，佐由理病情加重住进医院，浩纪在得知佐由理与巨塔有着某种联系后，决定完成他们的约定。最终，浩纪驾驶着飞机朝着塔的方向飞去，在飞行过程中，他逐渐揭开了佐由理、巨塔以及这个世界背后隐藏的秘密。