《高中舰队剧场版》承接电视动画剧情，故事依旧围绕女高中生组成的舰队展开。在这个世界里，海洋被异形生命体“雾之舰队”占据，人类只能龟缩在陆地上。为了夺回制海权，伊予女子海洋高中的学生们登上舰艇，踏上战斗之旅。剧场版中，她们面临着更为严峻的挑战，神秘的新敌人出现，其强大的战斗力让高中舰队陷入绝境。学生们不仅要应对外部敌人，内部也出现了矛盾和分歧。然而，在舰长千早群像的带领下，大家逐渐放下成见，齐心协力。最终，她们凭借智慧和勇气，突破重重困境，成功击败敌人，为人类的海洋复兴带来了新的希望。