《噬神者 共鸣作战》的故事发生在被荒神肆虐的世界。主角一行人作为噬神者，拥有特殊能力，能使用神机武器对抗荒神。他们在基地中接受任务，前往各个危险区域与荒神战斗。战斗中，他们凭借着神机的强大威力和自身的战斗技巧，与荒神展开激烈交锋。在一次任务中，主角等人遭遇了强大的荒神，战斗异常艰难。关键时刻，主角与队友之间产生共鸣，发挥出更强大的力量，成功击败荒神。然而，荒神的威胁并未消除，新的危机不断涌现。主角和队友们不断成长，在一次次战斗中加深彼此的羁绊，共同为守护人类的未来而努力。