《爆裂飞车3兽神合体》的故事围绕着飞伦、擎锋两兄弟展开。他们生活在一个充满爆裂飞车对战的世界，怀揣着成为顶级爆裂飞车手的梦想。在一次偶然的机会中，兄弟俩得到了神秘的爆裂飞车，从此踏上了冒险之旅。他们不断参加各种对战，结识了许多志同道合的朋友，如叶岚、泽塔等，也遭遇了邪恶组织幽影团的阻挠。幽影团妄图收集所有兽神晶片，实现其不可告人的目的。飞伦、擎锋等人与幽影团展开了激烈的对抗，在一次次对战中，他们的爆裂飞车不断进化，合体出强大的兽神形态。通过不懈努力，他们最终挫败了幽影团的阴谋，守护了世界和平。