《我想吃掉你的胰脏》围绕着少年“我”和患有胰脏病的女孩樱良展开。“我”性格孤僻，习惯独来独往，而活泼开朗的樱良意外让“我”得知了她身患绝症的秘密。此后，两人的生活产生了交集。樱良拉着“我”一起做各种事，去海边、逛街、参加同学聚会等。在相处中，“我”逐渐被樱良的乐观和热情感染，内心开始发生变化，两人的关系也愈发亲密。然而，樱良的病情不断恶化，最终她还是离开了人世。“我”带着与樱良的回忆，开始重新审视生活，学会了珍惜当下。