《东京食尸鬼第三季》承接前作剧情，金木研在经历一系列痛苦与挣扎后，已成为独眼喰种组织“青铜树”的重要成员。本季中，金木研在与CCG（喰种对策局）的对抗中逐渐成长，他的实力和影响力不断提升。与此同时，CCG也在不断调整策略，派出了新的精锐部队来对付喰种。在这个过程中，金木研结识了一些新的伙伴，他们一起为了喰种的生存和尊严而战。然而，组织内部也并非铁板一块，不同的理念和利益冲突逐渐显现。金木研在复杂的局势中，不仅要应对外部的敌人，还要处理组织内部的矛盾。他在人性与喰种本能之间不断徘徊，每一次的战斗都让他对自己的身份和使命有了更深的思考。