《深夜小狗离奇事件》围绕着少年克里斯托弗展开。克里斯托弗患有阿斯伯格综合征，他对世界有着独特的认知方式，喜欢数学和逻辑推理。一天夜里，邻居家的小狗威灵顿离奇死亡，克里斯托弗决定展开调查。他不顾父亲的反对，坚持追寻真相。在调查过程中，他发现了许多隐藏的秘密，包括母亲所谓“病逝”背后的惊人真相——原来母亲并没有死，而是和另一个男人去了伦敦。克里斯托弗鼓起勇气，独自踏上前往伦敦寻找母亲的旅程。一路上，他凭借着自己的智慧和勇气克服重重困难，最终不仅找到了母亲，也在这个过程中实现了自我成长，学会了以更包容的心态去理解世界和他人。