故事发生在一个被称为「甲铁城」的蒸汽火车时代，世界被一种名为卡巴内的怪物所威胁。卡巴内是一种靠啃食人类为生的不死怪物，被它们咬伤的人也会变成卡巴内。主角生驹是个渴望成为甲铁城乘务员的少年，他拥有特殊能力，能在被卡巴内咬伤后不变成卡巴内。生驹结识了女武士菖蒲，菖蒲为了给被卡巴内杀害的家人报仇，登上甲铁城寻找机会。他们一同在甲铁城上经历了无数与卡巴内的战斗，也遭遇了人性的考验。在列车行驶过程中，不仅要应对卡巴内的攻击，还要处理列车内部的权力斗争和阴谋。生驹和菖蒲在一次次危机中逐渐成长，他们与同伴们一起为了生存和希望而战，努力在这个充满危险的世界中寻找一片安宁之地。