《无间道3：终极无间》承接前作剧情，刘建明在陈永仁死后，因内心愧疚和警方内部调查的压力，精神几近崩溃。他试图通过催眠来消除自己身为黑帮卧底的记忆，以摆脱痛苦。此时，杨锦荣作为警方新的卧底，深入黑帮内部。他与刘建明之间产生了复杂的关系，杨锦荣察觉到刘建明的异常，开始对其展开调查。与此同时，当年韩琛犯罪集团的残余势力蠢蠢欲动，企图东山再起。在一系列的冲突和较量中，各方势力的矛盾逐渐激化。最终，刘建明的罪行被揭露，他陷入了万劫不复的境地，而正义也在这场无间的争斗中得以伸张。