《命运之夜 剧场版》以圣杯战争为宏大背景展开。故事中，卫宫士郎是一名普通高中生，却意外被卷入这场残酷的战争。圣杯拥有实现持有者任何愿望的强大力量，为了得到它，七位魔术师各自召唤出英灵，组成主从搭档相互厮杀。士郎召唤出了英灵Saber，一位美丽且实力强大的少女。他们在战斗中不断成长，同时也面临着各种艰难抉择。在与其他英灵和魔术师的激烈对抗中，士郎逐渐明白了战争的残酷与愿望的沉重。他和Saber在并肩作战的过程中，建立起了深厚的羁绊。然而，圣杯战争的真相逐渐浮出水面，背后隐藏着不为人知的阴谋，士郎和Saber能否突破重重困境，在这场充满鲜血与牺牲的战争中守护住彼此的信念，成为了故事的一大看点。