《机动战士高达NT》故事设定在宇宙世纪0097年，主角巴纳吉·林克斯是一名普通的少年。他在机缘巧合下登上了新型NT专用机体“独角兽高达3号机菲尼克斯”。此时，地球联邦军与新吉恩残党之间的矛盾暗流涌动，而神秘的“拉普拉斯之箱”所引发的纷争仍未平息。新吉恩残党势力妄图利用“菲尼克斯”达成他们的野心。巴纳吉在驾驶“菲尼克斯”的过程中，逐渐挖掘出自己潜在的NT能力。他与队友们一起，在激烈的战斗中不断成长。面对强大的敌人和复杂的局势，巴纳吉坚守正义，最终驾驶着“菲尼克斯”与敌人展开了一场惊心动魄的决战，守护了和平。