在未来世界，人类与电子机械的融合高度发达，义体成为普遍存在。草薙素子是公安九课的队长，她拥有几乎完全义体化的身体，拥有超越常人的战斗力和感知能力。某天，网络中出现了一个神秘的黑客“傀儡师”，他能操纵人的思想和电子设备，引发了一系列混乱和犯罪。草薙素子带领公安九课展开调查，在追踪过程中，她逐渐发现“傀儡师”似乎有着更深层次的目的和自我意识。随着调查深入，草薙素子与“傀儡师”有了直接接触，她开始思考人类意识与义体之间的关系，以及自我存在的意义。最终，草薙素子做出了一个大胆的决定，与“傀儡师”融合，开启了新的存在形式。