《鹡鸰女神第一季》的故事围绕着平凡高中生佐桥皆人展开。皆人在一次意外中救下了从天空坠落的少女结，而结正是传说中的鹡鸰女神。原来，存在着一个名为“苇牙”的特殊人类，他们能与鹡鸰女神签订契约，赋予其力量。皆人成为了结的苇牙，由此卷入了一场激烈的战斗。在这个世界里，鹡鸰女神们会为了争夺“最强”的称号而进行残酷的战斗，即“鹡鸰计划”。皆人身边陆续出现了其他鹡鸰女神，如松、风花等，她们性格各异，有的傲娇，有的温柔。皆人一边努力保护着自己的鹡鸰女神们，一边在这个充满危险与挑战的世界中成长，逐渐揭开“鹡鸰计划”背后的秘密。