《浪客剑心2012》以明治维新时期为背景，主角绯村剑心曾是刽子手拔刀斋，杀人无数。维新成功后，他决心不再杀人，以逆刃刀为武器，守护身边的人。剑心来到东京，结识了神谷道场的神谷薰，因长相与骚扰道场的恶徒相似而被卷入事端，之后便留在道场。在此期间，他不断遭遇各种挑战，先是与妄图复辟幕府的劲敌斋藤一交手，两人惺惺相惜。接着又面临比古清十郎的考验，比古清十郎是剑心的师父，他想让剑心重拾杀人的剑技。剑心坚守不杀人的信念，在一次次战斗中成长，也逐渐赢得了薰等人的信任与支持，最终成功挫败了反派的阴谋，继续以自己的方式守护着这个新时代。