《强殖装甲》的故事围绕高中生深町晶展开。一天，他和好友卷岛颚人在考古遗迹中意外唤醒了神秘的外星生物兵器——强殖装甲。深町晶被选为殖装者，获得了强大的力量，能将装甲与自身融合，变身成拥有超强战斗力的战士。然而，他们的行为也引来了克诺斯组织的注意。这个组织一直在寻找强殖装甲，企图利用其力量统治世界。克诺斯派出各种兽化兵对深町晶和卷岛颚人展开追杀。在战斗过程中，深町晶不断成长，逐渐掌握强殖装甲的力量。同时，他也结识了其他殖装者，他们一起对抗克诺斯组织。但克诺斯组织实力强大，拥有众多先进武器和强大的兽化兵，双方展开了一场惊心动魄的生死较量。