《活死人归来3》故事发生在未来世界，年轻的士兵乔纳森在一次任务中不幸牺牲。他的父亲为了让儿子“复活”，利用军方的高科技手段将乔纳森的大脑与一具丧尸身体结合。复活后的乔纳森虽然保留了部分意识，但丧尸的本能也在不断侵蚀他。他逃出实验室，来到女友泰莉身边。泰莉起初不知乔纳森的变化，可随着乔纳森对人类血肉的渴望愈发强烈，危险也逐渐逼近。乔纳森努力克制自己的本能，试图保护泰莉。然而，军方为了掩盖实验的秘密，派出部队追杀乔纳森。在与军方和自身丧尸本能的双重对抗中，乔纳森和泰莉的命运走向未知，一场惊心动魄的生死之战就此展开。