《妖精的旋律》围绕着拥有特殊能力的二觭人展开。主角耕太在回家途中救下了失忆的露西，而露西正是具有强大杀伤力的二觭人。她平时以温顺的妮悠形象示人，但在受到刺激时会变回冷酷无情的露西，用无形的“手”展开攻击。随着剧情推进，耕太发现露西的身世与一个秘密组织有关，这个组织一直在研究和抓捕二觭人。与此同时，其他二觭人也陆续登场，她们有的善良，有的充满仇恨。各方势力之间不断发生冲突，耕太等人也被卷入其中。在这个过程中，露西逐渐找回记忆，她内心的痛苦与挣扎也逐渐展现。故事既有激烈的战斗场面，也有细腻的情感刻画，探讨了人性、友情与爱情等主题。