《入侵脑细胞2》延续了前作的科幻惊悚风格。故事围绕着联邦调查局探员展开，他们面临着一个棘手的连环杀手案件。杀手极其狡猾，作案手段残忍且神秘。为了深入杀手的内心世界，获取关键线索，探员们启用了先进的“脑波强化系统”，通过这个系统进入杀手的潜意识。年轻的女医生玛雅临危受命，她勇敢地进入杀手扭曲的大脑世界。在那里，她遭遇了各种恐怖、奇幻又危险的景象，每一步都充满了未知。她要在有限的时间内找到解开案件的密码，与时间赛跑，同时还要躲避杀手潜意识中的种种陷阱和攻击，最终成功阻止杀手继续作恶，揭开案件背后的真相。