《馒头日记》围绕着小男孩馒头展开。馒头是个身世可怜的孩子，他被丢弃在孤儿院门口，从小在孤儿院长大。他没有朋友，唯一的“朋友”是一只流浪狗，他给它取名叫“血骷髅”。馒头每天都会写日记，记录自己的生活。在日记里，他表达着对温暖家庭的渴望。一次偶然的机会，馒头得知了自己的身世线索，他决定离开孤儿院去寻找自己的妈妈。一路上，他经历了许多困难，也遇到了一些善良的人帮助他。在寻找妈妈的过程中，馒头不断成长，他明白了什么是爱与被爱，最终他能否找到妈妈，能否拥有一个真正属于自己的家，都在这部动画中一一展现。