《非典型少年第二季》继续聚焦自闭症少年山姆的成长故事。山姆决心在这一季开启独立生活，他努力找工作，想要证明自己能像正常人一样融入社会。在感情方面，他和女友佩姬的关系面临诸多挑战，佩姬有了新的社交圈子，两人的相处模式发生变化。山姆的家庭也不平静，妹妹凯西进入青春期后，自我意识觉醒，开始叛逆，与父母的矛盾不断升级。母亲艾尔莎则在帮助山姆的过程中，逐渐发现自己的生活也需要改变，她开始探索自我，追求新的兴趣。而父亲道格在工作和家庭之间努力平衡。整季通过山姆一家的经历，展现了自闭症群体面临的困境与希望，以及家庭在陪伴成长中的重要作用。