《我的男友三千岁》围绕着女主和三千岁男友展开奇幻浪漫故事。女主本是平凡女孩，过着普通生活。一次偶然机会，她唤醒了沉睡三千年的男主。男主带着古代的记忆和行事风格来到现代，闹出不少笑话。他不懂现代的科技产品，看到手机时一脸茫然，却努力去适应女主的生活。在相处中，两人感情逐渐升温，然而他们的爱情并非一帆风顺。男主的身份引来了神秘组织的关注，他们试图抓走男主进行研究。女主为保护男主，与神秘组织斗智斗勇。在一次次危机中，两人的感情愈发坚定，共同携手面对来自古代与现代碰撞的种种难题。