《巴啦啦小魔仙之彩虹心石》承接前作剧情，魔仙堡被巫神哈莱女王入侵，彩虹之花被摧毁，彩虹能量也因此散失。魔仙小蓝、美琪、美雪等人为了拯救魔仙堡，踏上寻找彩虹心石碎片的冒险之旅。在这个过程中，她们遭遇了哈莱女王派出的各种妖魔鬼怪的阻拦。比如，黑咒魔王变出可怕的幻影试图吓退小魔仙们，但小魔仙们凭借勇气和智慧一次次化解危机。她们还结识了新伙伴，像双子星王国的公主贝贝，贝贝拥有独特的魔法能力，和小蓝等人一起并肩作战。最终，小魔仙们集齐彩虹心石碎片，重新凝聚彩虹能量，打败了哈莱女王，让魔仙堡恢复了往日的和平与安宁。