《变种DNA 3》的故事发生在纽约的下水道中。昆虫学家苏珊曾为对抗肆虐的蟑螂疫情，研制出一种名为犹大的昆虫。犹大体内含有蟑螂、白蚁和人类的基因，它能分泌特殊酶杀死蟑螂，且无法繁殖。然而多年后，犹大发生变异，不仅能繁殖，还进化成凶猛的怪物，开始在下水道中袭击人类。 此时，苏珊的助手彼得负责清理下水道。他发现了变异怪物的踪迹，并与一群人一起深入下水道调查。在这个过程中，他们遭遇了各种危险，有人不幸丧生。彼得凭借着对犹大的了解，努力寻找应对之策。最终，他们能否成功消灭变种怪物，让纽约的下水道恢复安宁，成为了故事的一大悬念。