《巴啦啦小魔仙之音符之谜》围绕魔仙堡的危机展开。魔仙小蓝和游乐来到人类世界，与美琪、美雪等小魔仙会合。这次，她们要寻找失落的音乐宝盒，阻止哈莱星人利用音乐的力量作恶。哈莱星公主哈莱王后一心想抢夺宝盒，恢复哈莱星的力量。在寻找宝盒的过程中，小魔仙们遭遇了各种困难和挑战。她们不仅要面对哈莱星人的攻击，还要解开宝盒留下的谜题。每一次战斗，小魔仙们都凭借着勇气和智慧化险为夷。在这个过程中，美琪、美雪等小魔仙也不断成长，她们的友谊更加深厚，魔法能力也得到了提升。最终，小魔仙们成功找到宝盒，阻止了哈莱王后的阴谋，守护了魔仙堡和人类世界的和平。