《巴啦啦小魔仙之飞越彩灵堡》围绕三位小魔仙展开奇幻故事。人类女孩施巧灵在机缘巧合下来到彩灵堡，结识了彩灵堡的魔仙希雅和春宝。彩灵堡正面临危机，邪恶的巫神使者为抢夺彩石，不断制造麻烦。施巧灵、希雅和春宝三位小魔仙肩负起守护彩灵堡和寻找彩石的重任。她们在冒险途中，遭遇了各种困难与挑战，比如要破解巫神使者设下的魔法陷阱，还要和邪恶的怪物战斗。不过，三位小魔仙凭借着智慧、勇气和她们的魔法，一次次化险为夷。在这个过程中，施巧灵也从一个普通女孩成长为勇敢的小魔仙，她们的友情也愈发深厚，最终成功守护住了彩灵堡。