《9-nine-支配者的王冠》围绕着主角如月伸太郎展开。故事发生在学园都市，伸太郎在学园中经历着一系列奇妙又惊险的事件。他结识了性格各异的女孩们，如天真可爱的纱罗、神秘冷艳的九条都等。学园里隐藏着不为人知的秘密，一股神秘势力在暗中操控着一切，企图利用学园的特殊力量达成不可告人的目的。伸太郎和女孩们在探索真相的过程中，不断遭遇危险与挑战，他们凭借着智慧和勇气一次次化险为夷。在这个过程中，伸太郎与女孩们的感情也逐渐加深，他们相互扶持，共同对抗邪恶势力，最终能否揭开学园背后的秘密，阻止神秘势力的阴谋，成为了故事的一大看点。