《迷失海湾第三季》延续前作神秘氛围，故事围绕着神秘的海湾小镇展开。小镇上的居民们继续被各种超自然现象所困扰。警长麦克依旧坚守岗位，努力揭开小镇背后的秘密，他与新来的年轻警探艾米丽合作，两人在调查过程中产生了不少分歧，但也逐渐建立起信任。 本季中，海湾里频繁出现奇异的发光生物，它们的出现伴随着一系列离奇事件，居民们的生活被搅得鸡犬不宁。同时，失踪多年的少年突然归来，却失去了所有记忆，他身上似乎隐藏着解开小镇谜团的关键线索。随着调查深入，麦克和艾米丽发现这一切与多年前的一场实验有关，而这场实验的背后黑手正逐渐浮出水面，他们能否阻止邪恶势力，拯救迷失海湾，成为本季的最大悬念。