《少女卧底第三季》中，女主角查莉依旧以高中生的身份作为掩护，实则是一名身怀绝技的特工。在这一季里，查莉面临着更为复杂棘手的任务。她要和队友们一起对付邪恶组织，阻止他们的各种阴谋诡计。比如，邪恶组织企图利用新型高科技武器来破坏城市的安全，查莉和伙伴们必须争分夺秒地找到武器并将其摧毁。在执行任务过程中，查莉还要兼顾自己的高中生活，平衡特工身份和学生身份带来的双重压力。她与队友之间的关系也在不断变化，有合作时的默契，也有意见不合时的争吵。同时，查莉在感情方面也有了新的发展，她和喜欢的人之间的互动充满了青春的甜蜜与纠结。