《少女卧底第一季》围绕着少女查莉展开。查莉本是普通高中生，却被国家安全局招募，从此开启了秘密卧底生涯。她一边要应对校园里的日常，处理与朋友艾迪、杰瑞米等人的关系，一边要完成各种危险的任务。在执行任务过程中，查莉凭借自己的聪明才智和勇敢，一次次化险为夷。比如在某一集中，她潜入一个犯罪组织的派对，获取重要情报，期间巧妙地躲过敌人的怀疑。还有一次，她帮助团队阻止了一起高科技盗窃案。然而，卧底生活也给她带来了诸多困扰，她要时刻隐藏真实身份，在不同角色间切换，还要面对任务中的各种突发状况和危险。