《学园孤岛 真人版》聚焦由丈枪由纪、惠飞须泽胡桃、若狭悠里和直树美纪组成的学园生活部。表面上，她们每日在学园里开展种花、烹饪等活动，享受着惬意的校园时光。然而，这所学校实则被丧尸包围，她们所处的校园已成为一座孤岛。由纪因头部受伤，选择性遗忘了丧尸危机，以为生活一切正常。悠里等人虽守护着由纪的幻想，却也在努力应对丧尸的威胁。一次外出寻找物资时，她们遭遇大量丧尸围攻，险象环生。随着危机不断升级，由纪最终还是直面了残酷的现实，众人也在绝境中为生存而继续战斗。