《战国自卫队1549》讲述了日本自卫队特殊部队成员的离奇穿越故事。在一次常规演习中，以岛田少尉为首的自卫队成员，因神秘的时空扭曲现象，意外穿越到了1549年的日本战国时代。他们发现自己身处一个战火纷飞、诸侯割据的世界，与现代文明有着天壤之别。自卫队凭借先进的武器和军事知识，起初在战国乱世中占据优势，岛田等人试图利用自身能力改变历史走向。然而，他们逐渐意识到历史的车轮难以轻易撼动，且自身的行为引发了各方势力的猜忌与对抗。在与战国诸侯的周旋中，自卫队成员们不仅要应对外部的军事威胁，还要处理内部因价值观冲突而产生的矛盾。最终，他们在这个陌生的时代努力寻找着回归现代的方法，同时也经历了一场心灵与思想的洗礼。