《战斗之魂 双重驱动》的故事围绕着战斗陀螺般的卡片对战展开。主角神乐零士原本是个普通少年，在结识了神秘的少女铃之后，被卷入了“双重驱动”的战斗世界。在这个世界里，人们使用名为“战斗魂”的卡片进行对战，卡片中的灵魂会实体化进行战斗。零士凭借着对战斗魂的热爱和天赋，不断成长。他与伙伴们组成团队，一起参加各种比赛，在这个过程中，他们不仅要面对强大的对手，还要解开“双重驱动”背后隐藏的秘密。随着故事推进，零士逐渐发现这个战斗世界与现实世界有着千丝万缕的联系，而他们的战斗也关乎着两个世界的命运。在一次次激烈的对战中，零士和伙伴们不断突破自我，为了守护重要的东西而战。