《神的病历簿》围绕着主人公川崎拓也展开。川崎拓也原本是一个在东京大医院工作的医生，却因一起医疗事故而陷入自责与迷茫。为了逃避现实，他来到了位于北海道的美呗医院。在这个偏远的小医院里，他遇到了形形色色的病人和性格各异的同事。有身患重病却依然乐观坚强的孩子，还有对他充满期待和鼓励的前辈医生。在这里，川崎拓也逐渐重新找回了作为医生的初心和使命感，他开始认真对待每一位病人，努力为他们治疗。在与病人和同事的相处过程中，他也收获了真挚的情感和宝贵的人生经验，最终实现了自我救赎和成长。