《五岛医生诊疗所2006》延续了前作的温情风格，故事依旧围绕着五岛健助医生展开。五岛医生来到志木那岛的诊疗所工作，这里医疗资源匮乏，岛民们有着各自的生活难题。在新的故事里，五岛医生凭借着精湛的医术和温暖善良的心，为岛民们解决了一个又一个的健康问题。他会耐心地倾听患者的烦恼，用简单易懂的方式解释病情。期间，诊疗所也面临着一些挑战，比如资金短缺、设备不足等，但五岛医生从未放弃。岛民们也在与五岛医生的相处中，彼此建立了深厚的情感，大家相互支持，共同面对生活中的困难，展现出了小岛生活的质朴与美好。