《ST 红白搜查档案》以特殊犯罪搜查系（ST）为舞台展开故事。ST 是警视厅为了调查一些疑难案件而设立的部门，成员们各怀绝技却性格迥异。赤城左门是 ST 的负责人，他冷静理智且极具洞察力。白户则是热血冲动的刑警，因某些原因被调入 ST。 在调查案件过程中，他们遭遇了各种棘手的难题。有神秘的连环杀人案，凶手作案手法奇特，现场留下的线索少之又少。还有涉及高科技犯罪的案件，利用先进技术进行盗窃和破坏。ST 团队凭借着各自的专业知识和独特能力，抽丝剥茧，逐步揭开真相。成员们从最初的相互不理解、矛盾不断，到后来默契配合，共同面对各种挑战，在一次次破案中成长和蜕变。