《山田君与7个魔女2013》围绕着私立朱雀学院展开。平凡学生山田龙，在楼梯上与校园第一美少女白石丽意外接吻后，竟获得了灵魂互换的能力。此后，他们发现学校里还有另外5个拥有特殊能力的魔女，比如能读取他人记忆、操控物体等。山田和白石开始寻找其他魔女，过程中结识了同为学生的椿真弓、菅原直人等。他们一边应对魔女能力带来的各种麻烦，一边探索能力的秘密和背后的真相。在这个过程中，山田与白石的感情逐渐升温，伙伴们之间的羁绊也不断加深，共同经历了一系列搞笑又惊险的事件。