《血滴子 2012》故事发生在清朝雍正年间，皇帝为了巩固政权设立了神秘组织血滴子。他们行动诡秘，专门诛杀异己。穆森是血滴子的头目，带领着一群身怀绝技的年轻人效命于朝廷。一次任务中，血滴子们奉命追杀反清组织“天狼”。在这个过程中，队员们发现所谓的敌人并非十恶不赦，而朝廷的命令也存在诸多疑点。其中，海都对任务产生了怀疑，他与天狼组织的人接触后，逐渐了解到真相。随着真相浮出水面，血滴子内部开始分化。穆森坚守对朝廷的忠诚，而海都等人则决定反抗。最终，血滴子与天狼组织联手，共同对抗腐朽的朝廷势力，在一场惨烈的战斗中，他们为了正义和自由付出了巨大的代价。