《X档案 第三季》延续前两季风格，继续围绕联邦调查局特工福克斯·穆德和达娜·斯金纳展开。穆德坚信超自然现象的存在，执着于寻找妹妹被外星人绑架的真相；斯金纳则秉持科学理性态度，起初是为监督穆德而加入X档案小组，后来逐渐被各种奇异事件影响。本季中，他们遭遇诸多离奇案件，有能操控天气的神秘人，引发暴雨、龙卷风等灾害；还有神秘的外星生物，它们以人类为宿主，不断繁殖。在调查过程中，两人面临来自内部的压力，上司对X档案的调查多有阻挠。同时，他们也在逐步揭开一个庞大的阴谋，涉及政府高层与外星势力的勾结。随着剧情推进，穆德和斯金纳的关系更加紧密，携手在超自然的世界中探寻真相。